Theo ghi nhận, Facebook Messenger xảy ra lỗi không chỉ đối với ứng dụng Messenger hoạt động trên nền tảng Android và iOS mà cả trên phiên bản web máy tính.
Cụ thể, nhiều người dùng Messenger trên web liên tục nhận được thông báo “Messenger đã nâng cấp bảo mật cho đoạn chat này. Tin nhắn và cuộc gọi mới sẽ được bảo mật bằng tính năng mã hóa đầu cuối”. Thông báo không chỉ hiển thị trên các đoạn chat thường xuyên trong danh sách bạn bè của người dùng mà còn ở những tài khoản bạn bè mà hai phía chưa từng gửi tin nhắn cho nhau hoặc đã lâu không còn liên lạc.
Tin nhắn thông báo với nội dung giống nhau được gửi liên tục, làm xáo trộn nội dung trên hộp tin nhắn khiến nhiều người dùng cảm thấy phiền toái.
Đáng chú ý, một số người dùng Messenger phiên bản web máy tính còn gặp tình trạng các tin nhắn cũ bỗng dưng biến mất. Lỗi tương tự cũng xảy ra đối với người dùng ứng dụng Messenger trên Android và iOS.
Ngoài ra, người dùng ứng dụng Messenger trên smartphone còn gặp phải tình trạng ảnh đã gửi trước đây không hiển thị. Khi xem lại những hình ảnh đã được gửi qua ứng dụng Messenger, nhiều người dùng chỉ nhận được thông báo “File phương tiện này không tồn tại” và không thể xem lại hình ảnh đó.
Theo các chuyên gia công nghệ, tình trạng lỗi này có thể bắt nguồn từ tính năng mã hóa đầu cuối mà Facebook triển khai mặc định trên ứng dụng Messenger từ ngày 11/12 nhằm tăng cường mức độ an toàn và bảo mật cho tin nhắn và cuộc gọi trên Messenger.
Cách khắc phục lỗi gây khó chịu trên Facebook Messenger.
Người dùng Messenger có thể thiết lập mã PIN để lưu trữ các cuộc trò chuyện mã hóa 
Thông báo của Meta về tính năng này cho thấy, nội dung tin nhắn và cuộc gọi sẽ được mã hóa cả phía người gửi lẫn người nhận, đồng nghĩa với việc nội dung sẽ được bảo vệ ngay từ thời điểm rời khỏi thiết bị của người dùng cho đến khi tới thiết bị của người nhận. Với tính năng này, không một ai khác, kể cả Meta, có thể xem hoặc nghe nội dung tin nhắn đã gửi hoặc cuộc gọi điện thoại.
Một số người dùng cho biết, sau khi gỡ bỏ và cài đặt lại ứng dụng Messenger trên Android và iOS, ứng dụng đã hoạt động ổn định trở lại.
Tuy nhiên, đối với người dùng Messenger trên máy tính, vẫn chưa có giải pháp nào giúp khắc phục triệt để các lỗi gặp phải. Một số người dùng đã thử tải ứng dụng Messenger tương ứng với hệ điều hành của máy tính để sử dụng như một phần mềm độc lập thay vì dịch vụ trên nền web và ghi nhận tình trạng có cải thiện hơn. Tuy nhiên, phần mềm này chỉ hỗ trợ hệ điều hành Windows 10 trở lên đối với các máy tính chạy hệ điều hành Windows.
